Filem ...Dalam Botol pada mulanya dikenali sebagai Botol dalam Almari[3], kemudian ditukar kepada Anu dalam Botol, yang mana perkataan "anu" merujuk kepada kemaluan lelaki. Akan tetapi, pada Jun 2009, diumumkan pula bahawa judul filem Anu dalam Botol ditukar balik ke Botol dalam Almari "atas nasihat pihak Jabatan Kemajuan Islam Malaysia (JAKIM) dan Lembaga Penapisan Filem (LPF)"[4], tetapi kemudian ditukar lagi kepada judul muktamadnya, ...Dalam Botol.[5]

Mula-mula, sebelum penggambaran bermula, pernah dikhabarkan bahawa filem ini bakal diarah oleh Shahdan Hashim[3], pengarah filem Haru Biru yang juga terbitan Raja Azmi, tetapi Shahdan menarik diri sebelum penggambaran sempat dimulakan.[6] Oleh itu, Osman Ali dipelawa menjadi pengarahnya tetapi menolak, dan akhirnya tugas sutradara diserahkan kepada Khir Rahman.[6]

Sebelum penggambaran bermula, apabila ditanya mengenai buah fikiran yang menzahirkan filem ini, Raja Azmi menjelaskan bahawa ia diilhamkan oleh satu kisah benar tentang seorang kawan beliau.[7]

Ditanya pula mengenai soal penapisan filem di Malaysia, tegas Raja Azmi, dirinya harus jujur dan berasa bebas untuk mengekspresi diri selaku pembikin filem, dan berani menghadapi akibat yang didatangi oleh tindakannya, tanpa berasa gentar bahawa filemnya itu akan dipotong-potong atau diharamkan oleh LPF.[7]

Untuk pemilihan pelakon, pihak penerbitan ...Dalam Botol melakukan sesuatu yang agak istimewa, iaitu kerjasama dengan portal berita hiburan Murai untuk mengadakan peraduan SMS kepada para pembaca untuk memilih penggarap watak utama filem itu, iaitu Ghaus dan Ruby.[8] Antara calon-calonnya ialah: Norman Hakim, Tony Eusoff, Fauzi Nawawi, Nazim Othman, Wan Raja (untuk Ghaus); Zizan Nin, Adi Putra, Arja Lee, Kefli, Ryzal Jaafar (untuk Ruby). Setelah talian mengundi ditutup pada 24 Ogos 2009[8], Wan Raja dan Arja Lee terpilih sebagai pelakon watak-watak utama itu.

Penggambaran filem ...Dalam Botol di bawah arahan Khir Rahman mengambil masa 26 hari dan disiapkan pada 2 Januari 2010, setelah menyiapkan sesi rakaman terakhir di sebuah kilang botol di Klang.[9] Pada mulanya, filem ini dinyatakan berbajet RM1.5 juta[7], namun ia telah dikurangkan kepada RM880 ribu[1]. Khir Rahman berkongsi pendapat mengenai idea filem ini:[10]

Bagi saya, filem ... Dalam Botol ada penceritaan yang mampu mengubah pandangan masyarakat. Saya cuba memecahkan penerimaan dan pandangan masyarakat terhadap filem tempatan sekarang. Mengikut kajian saya, ada filem hanya sesuai untuk orang bandar dan sebahagian lagi masyarakat luar bandar. "Kita jarang memikirkan bagaimana mereka boleh duduk bersama dalam sebuah panggung menonton filem yang memenuhi kehendak dan boleh merapatkan jurang kefahaman. "Kisah ...Dalam Botol, cerita benar diterjemah ke dalam skrin perak. Penulis skrip asal, Raja Azmi sendiri memang mahu berdakwah melaluinya. Ini bukan filem rekaan untuk publisiti murahan, cerita seks atau lucah. Pengalaman menukar jantina memang jarang diketengahkan dan orang lebih banyak mendengar daripada realitinya.

Sungguhpun homoseksual dan transseksual merupakan tema-tema yang tabu dalam industri perfileman Malaysia disebabkan sekatan terhadap unsur-unsur yang dianggap "tidak bermoral" oleh pihak berkuasa (walaupun pernah sekali dilonggarkan), namun ...Dalam Botol diumumkan lulus dan menerima klasifikasi 18 tanpa sebarang potongan dari LPF.[11] Perihal bahawa filem ini merupakan filem arus perdana Malaysia bertema homoseksual yang pertama turut menarik perhatian media luar negara[12], sehingga Raja Azmi sempat ditemu bual dengan Associated Press, ABC (Australia) dan BBC.[13]